La formation se déroule en 2 années de M1 et M2, qui sont spécifiques au master Conseiller en Génétique et Médecine Prédictive (CGMP). On ne peut pas accéder au M2 CGMP sans avoir validé un M1 CGMP à Lyon ou dans une autre université (notamment à Marseille qui propose un master CGMP depuis de nombreuses années). 

Les objectifs du M1 CGMP (ouverture en septembre 2022) sont de découvrir le métier de conseiller en génétique et de donner une formation de base en génétique médicale. Il est composé de deux semestres (S1 et S2) attribuant chacun 30 crédits ECTS. La formation comprend de nombreuses UEs de génétique, des UEs d'éthique et de psychologie, une UE d'anglais et deux stages de 2 mois en milieu professionnel. 

Les objectifs du M2 CGMP (ouverture en septembre 2023) sont de renforcer les compétences et la pratique du métier de CGMP avec 2 semestres (S3 et S4) attribuant chacun 30 crédits ECTS. Le M2 doit permettre une spécialisation progressive, notamment grâce à 6 mois de stage et des séminaires professionnels. Les spécialisations possibles sont notamment l'oncogénétique, la génétique pédiatrique ou le diagnostic prénatal. 

La formation du master CGMP sera assurée par une équipe régionale pluridisciplinaire de médecins, scientifiques, conseillers en génétique, psychologues cliniciens, spécialistes d'éthique. Un partenariat fort a été établi avec le master CGMP de Marseille afin d'avoir deux formations aux contenus concertés, permettant l'échange d'étudiants (entre M1 et M2) et d'intervenants.